Отец Николай был расстрелян в праздник Преображения Господня 19 августа 1937 года в городе Кирове. Память священномученика Николая Заварина будет совершаться в день его кончины.
В Вятской и Слободской епархии напомнили, что отца Николая обвиняли в том, что, «являясь организатором контрреволюционной группы среди людей, близко стоящих к церкви, он проводил антисоветскую агитацию, призывал женщин объединиться вокруг церкви и вести борьбу с советской властью».
Также священнику приписывали «распространение слухов о падении советской власти и расправе над богоотступниками», «агитацию о неправильной политике советской власти, ведущей к голоду».
При аресте и обыске отец Николай на вопрос об оружии сказал: «Моё оружие – Евангелие и религия, ими я и воюю». На следствии священник не признал своей вины, а на вопросы следователя о «контрреволюционной деятельности» ответил: «Поскольку я служил в церкви, я стремился поддерживать веру среди населения, отстаивать церковь, чтобы её не закрывали, но с антисоветской агитацией никогда не выступал». Он не назвал никаких имён, никого не обвинял, в том числе и своих лжесвидетелей.
